Rượu nếp được làm theo quy trình khá công phu và chau chuốt: Gạo nếp sau khi được nấu chín, làm nguội thì được rắc bột bánh men và đem đi ủ. Trong quá trình ủ nấm mốc phát triển trên cơm gạo nếp và tự tạo ra một hệ enzim đường hóa, cũng chính quá trình này đã tạo cho khối gạo ủ lên men có hương thơm rất đặc trưng, hấp dẫn. Đặc biệt khâu cuối của quá trình là chưng cất rượu Nếp không sử dụng tháp cao cất cồn mà dùng thiết bị chưng cất rượu để thu rượu khoảng 40-50 độ rượu. Toàn bộ hương thơm của nguyên liệu do quá trình lên men vẫn giữ được gần như trọn vẹn trong sản phẩm. Trong quy trình sản xuất thủ công, quá trình ủ men diễn ra trong điều kiện bình thường nên thời tiết và khí hậu tại thời điểm ủ men ảnh hưởng rất lớn đến sự đồng đều và chất lượng rượu sau này. Đây là điểm hạn chế rất lớn đối với các cơ sở rượu nếp làng nghề so với nhà máy sản xuất rượu nếp với thiết bị công nghệ hiện đại.